El Estatuto de la Universidad Nacional de Mar del Plata identifica, desde el Preámbulo, a la autonomía que regula su accionar y a la ineludible participación de sus claustros como características de su gobierno.
El cogobierno universitario identifica a las Universidades Nacionales públicas en la Republica Argentina. Constituye una de las reivindicaciones logradas por el movimiento de la  Reforma Universitaria de 1918. A partir de esos años, los estatutos universitarios ubicaron el gobierno y la administración de estas instituciones en los protagonistas principales de la vida académica: los docentes, los estudiantes, los graduados.
Tras varias décadas de suspensión del cogobierno, con el regreso a la democracia y la normalización de las universidades a partir de 1983, se retoma y profundiza dicha práctica. En la UNMdP, la composición tripartita se hace presente en las comisiones académicas, en los jurados para cargos docentes  y en varios aspectos del devenir de la vida universitaria.
Los docentes, estudiantes y graduados son los tres claustros tradicionales que participan en la formación del cogobierno de la Universidad y las Facultades, según el Estatuto vigente.
En el caso de la UNMdP, el Consejo Superior aprobó la participación del personal no-docente a través de un representante, con voz y sin voto. La inclusión plena de este cuarto claustro es un tema pendiente vinculada con la reforma del Estatuto actual.
Los derechos de cada claustro a participar en el cogobierno se ejercen mediante  representantes elegidos periódicamente por el conjunto de docentes, estudiantes y graduados, según se establece en el Estatuto. Los principales órganos de cogobierno son la Asamblea Universitaria y el Consejo Superior a nivel Universidad, y los Consejos Académicos y Directivos para las Facultades. 
La composición de los órganos de cogobierno es desigual, predominando la presencia de los docentes, luego la estudiantil y por ultimo la de graduados. Esta situación genera la reivindicación por parte de los estudiantes en pos de la composición igualitaria.  
En el marco del proceso de Autoevaluación Institucional recientemente finalizado en la Universidad Nacional de Mar del Plata, algunos integrantes de los órganos de cogobierno han manifestado como fortaleza del funcionamiento de los mismos que facilita el cumplimiento de los objetivos de la institución, el tratamiento de las decisiones por consenso, la generación de debates y la participación de diferentes sectores poniendo de manifiesto la pluralidad de perspectivas para la toma de decisiones.
Las limitaciones, en este sentido, se concentran en las condiciones desiguales que tendrían los representantes de los claustros para profundizar la participación, ya que la representación en los órganos de cogobierno no es rentada. Y, también, en las reivindicaciones sectoriales que condicionarían la elaboración de proyectos institucionales.